بررسی فیلوژنی سویه‌های سالمونلای جداشده از نمونه‌های بالینی بیمارستان‌های تهران براساس تعیین توالی ژن 23S rRNA
Authors
Abstract:
زمینه و هدف: باکتری سالمونلا یکی از مهم‌ترین عوامل گاستروانتریت باکتریایی و بیماری‌های ناشی از غذا است. تاکنون بیش از ۲۵۰۰ سرووار از این جنس شناسایی‌شده که اکثر آنها برای انسان بیماری‌زا هستند. ساختار فیلوژنی خانواده انتروباکتریاسه براساس توالی ۱۶S rRNA تنوع وسیعی ندارد. بنابراین این ژن به دلیل میزان توالی بالای حفاظت‌شده در ساختار خود، نمی‌تواند مشکلات طبقه‌بندی را در گونه‌های نزدیک به هم حل کند. به این منظور برای بررسی سویه‌های سالمونلا، ژن ۲۳S rRNA انتخاب شد که توانایی تفکیک سویه‌های مرتبط به هم را در سطح زیرگونه دارد. هدف از این مطالعه بررسی قرابت سویه‌های سالمونلای بالینی با استفاده از توالی ژن ۲۳S rRNA است. مواد و روش کار: DNA نمونه‌های تأییدشده سالمونلا از بیماران با علائم گوارشی، استخراج و توالی ژن ۲۳S rRNA پس از PCR در آنها تعیین شد. درختچه فیلوژنی براساس روش Neighbor-joining و با نرم‌افزار MEGA ۵.۰۵ ۵ رسم شد. یافته‌ها: دو ساختار مارپیچ ۲۵ و ۴۵ در بین اکثر سویه‌ها با سروتیپ‌های مختلف دیده شد. در سویه‌های سالمونلای تیفی تنها ساختار مارپیچ ۲۵ و در بقیه سویه‌ها مارپیچ ۴۵ مشاهده شد. میزان قرابت سویه‌های سالمونلا براساس توالی ۲۳S rRNA بین ۱۰۰-۹۹ درصد بود. نتیجه‌گیری: نتایج ژن ۲۳S rRNAتمایز بیشتری برای آنالیز در سطح زیرگونه و تفریق سروتیپ‌ها نشان می‌دهد. با توجه به تنوع سروتیپ‌های سالمونلا براساس تفاوت آنتی‌ژن‌های O و H سطحی، لزوم به‌کارگیری روش‌های نوین مولکولی در این راستا و جایگزینی آن با روش‌های سنتی ضروری به نظر می‌رسد.
similar resources
مطالعه فیلوژنی جدایه های Theileria annulata از استان البرز با استفاده از توالی ژن های 18S rRNA و ITS1-2
تیلریوز گرمسیری بیماری انگلی ناشی از تک یاخته T.annulata بوده و بوسیله کنه های جنس هیالوما منتقل می شود. تشخیص بیماری معمولاً با مشاهده انگل در گسترش های خون محیطی، طحال و غدد لنفاوی صورت می گیرد. امروزه روش های ملکولی با حساسیت و ویژگی بالائی به منظور تشخیص و شناسائی عامل بیماری در دام های مبتلا و ناقل، مطالعات همه گیری شناسی و بررسی های فیلوژنی مورد استفاده قرار می گیرد. با توجه به حضور ت...
full textبررسی تنوع ژنتیکی جنسCrassostrea در سواحل بندر امام خمینی با روش تعیین توالی ژن 16S rRNA
16S rRNA یکی از اجزای بخش بزرگ ریبوزومی می باشد که بوسیله‌ی ژنوم میتوکندریایی کد می‌شود و به طور گسترده‌ای در مطالعات فیلوژنتیکی مربوط به گونه‌های نزدیک و به خصوص گونه های مربوط به Crassostrea مورد استفاده قرار می‌گیرد. پلی مورفیسم توالی نوکلئوتیدی مربوط به ژن 16S rRNA ژنوم میتوکندریایی اویستر خلیج فارس (Crassostrea sp.)، در 30 نمونه اویستر جمع آوری شده از بندر امام خمینی مورد بررسی قرار گرفت. ...
full textمطالعه فیلوژنی جدایه های theileria annulata از استان البرز با استفاده از توالی ژن های 18s rrna و its1-2
تیلریوز گرمسیری بیماری انگلی ناشی از تک یاخته t.annulata بوده و بوسیله کنه های جنس هیالوما منتقل می شود. تشخیص بیماری معمولاً با مشاهده انگل در گسترش های خون محیطی، طحال و غدد لنفاوی صورت می گیرد. امروزه روش های ملکولی با حساسیت و ویژگی بالائی به منظور تشخیص و شناسائی عامل بیماری در دام های مبتلا و ناقل، مطالعات همه گیری شناسی و بررسی های فیلوژنی مورد استفاده قرار می گیرد. با توجه به حضور ت...
full textتجزیه فیلوژنی و تکاملی توالی نوکلئوتیدی جایگاه ژن بتالاکتوگلوبولین
سابقه و هدف: مطالعه حاضر به منظور آگاهی از روند تکاملی و مولکولی توالی نوکلئوتیدی جایگاه ژن بتالاکتوگلوبولین در پستانداران، آنالیز فیلوژنی و روند انتخاب طبیعی انجام گرفت. مواد و روشها: توالی نوکلئوتیدی جایگاه ژن بتالاکتوگلوبولین در گونه های مورد مطالعه از بانک اطلاعاتی ژنوم (NCBI) به دست آمده و همتراز شدند. درصد جانشینی و جایگزینی نوکلئوتیدها با روش حداکثر درست نمایی و همچنین ترسیم درخت فیلو...
full textگزارش گونه های نوکاردیای جداسازی شده ازخاک، توسط تعیین توالی ژن 16S rRNA، اصفهان، ایران
مقدمه: جنس نوکاردیا جزو اکتینومیستهای هوازی هستند که یک گروه بزرگ از باکتریهای ساکن خاک را شامل میشوند، که در جهان پخش شدهاند. در این مطالعه، با استفاده از آزمونهای تشخیصی رایج، مرسوم و مولکولی گوناگون، چندین ایزولههای نوکاردیا جداسازی و تشخیص داده شد. مواد و روش ها: در این پژوهش، برای جداسازی از خاک، روش Slip-buried و برای استخراج DNA، روش Microwave oven استفاده شد و در این روشها، سو...
full textبررسی توالی ژن M2 ویروس‌های آنفولانزا جداشده از بیماران ایرانی در سال 1393 به‌منظور تعیین مقاومت به آدامانتان‌ها
Background and Objective: Adamantanes, amantadine, and rimantadine have been used for many years for prevention and treatment of influenza virus A infections. These drugs are influenza virus M2 protein inhibitors and some amino acids substitutions in transmembrane portion of this protein cause resistance to them. This study was done for survey of adamantane resistance related nucleotide sequenc...
full textMy Resources
Journal title
volume 12 issue 4
pages 239- 247
publication date 2018-10
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
No Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023